Nesta a fost remarcat de selectionerul "squadrei azzura" dupa evolutiile foarte bune de la echipa sa de club in acest sezon. Criza de forma prin care trece apararea lui Juventus, pe care se construieste trunchiul echipei, si lipsa unor fundasi de valoare l-au determinat pe Lippi sa-l cheme din nou la nationala pe Nesta.
Ultima prezenta a lui Nesta, ce va implini 34 de ani pe 19 martie, data din 11 octombrie 2006, de la un meci cu Georgia din preliminariile CE 2008.